No se sabe muy bien quiénes fueron los primeros pobladores de Pinto. Se cree que el primer asentamiento humano pudo darse en la prehistoria, gracias a las tribus que vivieron cerca de la Cueva de Cuniebles.

Otra teoría expone que la Villa de Pinto nació en la época romana, debido a la confluencia de cuatro calzadas que atravesaban la zona, conviertiendo a este lugar en "punto de encuentro", y que empezó a consolidarse a expensas de la colonia de Xata (Getafe) durante la dominación árabe.

Sobre la procedencia del nombre del municipio, es seguro que viene de la palabra "punctum" (punto), debido a que esta población era un lugar de paso y encuentro, además de ser el punto central de la península para los árabes.

E l lugar fue reconquistado en el año 1083. A partir de esta fecha Pinto se toma como zona de retaguardia para la conquista de Toledo, lo que conllevó su florecimiento, tanto cultural como económico.

En el siglo XIII, se producirá el conflicto entre las lindes de Madrid y Segovia, resolviéndose el problema con la ubicación de dicha frontera entre Pinto y Valdemoro, con la colocación de 42 hitos. En el término de Madrid se quedaría Pinto, mientras que Valdemoro pertenecería durante años al territorio de Segovia. Es muy probable que la actitud del rey, Fernando III el Santo, presenciando personalmente la colocación de las piedras diera lugar a la conocida frase "entre Pinto y Valdemoro".

En el siglo XV se construyeron la Iglesia de Santo Domingo, y un Castillo del que ahora sólo queda la actual Torre de Éboli, en esta época el municipio recibió la visita de las Reyes Católicos. También hay que citar que durante la revuelta comunera, los habitantes de Pinto se unieron con los precursores de la revuelta.
 
Un hecho destacado en la historia de Pinto sucedió en 1.579, cuando el rey Felipe II mandó detener a  su secretario Antonio Pérez, y a su amante, la Princesa de Éboli, encerrándolos en la torre del castillo de Pinto.

Tras las pestes y el declive de la economía, viene el auge de la Burguesía y la Guerra de la Independencia. La resistencia de Pinto se acentuará por la proximidad del municipio de Móstoles, cuna de la revuelta.

En el siglo XX, hay que destacar la influencia nefasta de la Guerra Civil en la localidad y el desarrollo industrial, que llegaría en los años sesenta; época en la que Pinto deja de ser un núcleo netamente rural y agrícola y pasa a covertirse en núcleo urbano.

Pinto se consolidaría con 20.000 habitantes, recibiendo alrededor de ochenta familias cada año, hasta lacanzar los 25.000 habitantes que hoy tiene. Principalmente los nuevos pinteños proceden de Madrid-Capital y de pueblos limítrofes. Su asentamiento en el pueblo responde a los nuevos equipamientos que tiene la ciudad y a su tranquilidad.